O Prêmio Capes de Tese é concedidos anualmente pela Capes às melhores teses de doutorado defendidas e aprovadas nos cursos reconhecidos pelo MEC, em cada uma das áreas do conhecimento reconhecidas pela CAPES,.considerando os quesitos originalidade e qualidade. O Prêmio foi instituído no ano de 2005.
2006 - Menção Honrosa: Valter Júnior de Souza Leite, Tese: Estudos sobre estabilidade robusta de sistemas lineares por meio de funções dependentes de parametros. Orientador: Pedro Luis Dias Peres
2007 - Menção Honrosa: José Cândido Silveira Santos Filho, Tese: Contribuições à modelagem, análise e simulação de canais de desvanecimento. Orientador: Michel Daoud Yacoub
2009 - Prêmio CAPES: Daniel Benevides da Costa. Tese: Contribuições teóricas para ambientes generalizados do canal sem fio. Orientador: Michel Daoud Yacoub
2010 - Prêmio CAPES: Napoleão dos Santos Ribeiro. Tese: Chaveamento Eletro-Óptico Ultrarrápido e Conversão Regenerativa Utilizando Amplificadores ópticos a semicondutor. Orientador: Evandro Conforti. Coorientador: Cristiano de Mello Gallep
2012 - Menção Honrosa: Alfeu Joãozinho Sguarezi Filho. Tese: Controle de Potências Ativa e Reativa de Geradores de Indução Trifásicos de Rotor Bobinado para Aplicação em Geração Eólica com a Utilização de Controladores Baseados no Modelo Matemático Dinâmico do Gerador. Orientador Ernesto Ruppert Filho