A Congregação é o órgão máximo da Unidade, presidido pelo Diretor e composto por Diretor Associado, Coordenadores (CG, CPG e Extensão), chefes de Departamentos e representantes de professores, alunos e funcionários,conforme definido pela regulamentação específica.
Congregação é secretariada pela ATU da FEEC, possui Comissões Permanentes de:Pós-Graduação (CPG), Graduação (CG) e Extensão (CE). Além destas a Congregação pode ter Comissões para a análise de questões específicas, como a de Espaço Físico e outras não permanentes.